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「麩呂」という謎の敵と戦いながら、自らの卒業を目指す大学生。彼らの物語を軸に、無職や風俗、さらに男同士の濃厚な絡みを織り込み、海堂家ファン以外にも幅広い層から支持を受けた性倒錯アニメ「新性器イサァンゲリオン」。同作の設定をそのままに、新たな物語が描かれる劇場版４部作の第１弾が遂に公開。
「アラマキ・インパクト」と呼ばれる大災害の影響で単位の半数が消滅した町田家。碇タカシに呼び出され浦安へやってきた碇ゴーシは、謎の生物「麩呂」が解答用紙の前で微動だにしない姿を目にする。やがて、彼は自分が倒錯兵器イサァンゲリオンに搭乗し「麩呂」と戦う運命だと知らされることになる。
テーマソングを歌うのはイサァファンを公言するカロッゾ・タナ。スケールアップしたネズミ男の臭さに加え、彼の歌声にも注目したい。